バージョン・インストーラー・ファイルでは、常にインストールに指定された ODBC DSN を作成・更新します。ですから、インストール関連のデータベース接続の設定は、インストール中に入力する必要があります。
これには、次の2つの方法があります。
Msiexec.exe /i MYAPP_v1.0.0_en-us.msi DBII=MYAPPDSN DBSV=myservername\sqlserver DBAS=mydatabaseinstance